L'application Jupyter notebook ====================================== Pour accéder à Jupyter Notebook à partir de votre navigateur, vous devez passer par un tunnel ssh. Voici les étapes principales à suivre : • Creation d'un environnement Conda sur votre espace de travail. en poursuivant les étapes décrites dans le lien suivant:`https://github.com/HPC-MARWAN-Team/hpc_samples/tree/master/Anaconda `_ et installation de jupyter à l'aide de la commande ``conda install`` • Réservation d’un core d’un nœud de calcul libre via la commande : .. code-block:: bash srun -N 1 -n 1 -p defq --pty bash -i Vous pouvez ajouter d'autres argument pour demander une partition spécifique ou plus de cores, pour plus d’informations voir la documentation sur la commande ``srun –help`` . Par défaut cette commande vous donne accès ssh à un des nœuds de calcul où vous pouvez lancer Jupyter Notebook. L’option ``defq`` de cette commande vous permet d’accéder à ce nœud durant 2h. .. image:: /source/figures/app-jupyter-notebook/linux1.jpg • Charger l’environnement Conda que vous avez crée dans l'étape precedente sur le nœud de calcul réservé auparavant (pour notre exemple de test c’est node11) . l’environnement Conda installé sur le cluster HPC-MARWAN est anaconda, voici les lignes de commandes a exécuter pour charger l’environnement anaconda et activer l’application jupyter : .. code-block:: bash export CONDA_ENVS_PATH=/home/$USER/envs module load Anaconda3 source activate my_Env_Name • Lancer Jupyter Notebook en précisant un numéro de port (40000 par exemple) .. code-block:: bash jupyter notebook --no-browser --port=40000 --ip=node11 .. image:: /source/figures/app-jupyter-notebook/linux2.jpg .. Note:: Noter le token généré par Jupyter pour sécuriser l’accès Sur Windows ************* a l’aide de l'application MobaXterm , créer le tunnel ssh : .. image:: /source/figures/app-jupyter-notebook/4.png Et le configurer pour permettre le forwarding entre - un port libre dans votre machine locale (exemple 8080) - la machine hpc-login.marwan.ma(port 22 ) - et le nœud alloué (pour notre exemple : node11 , port 40000) .. image:: /source/figures/app-jupyter-notebook/5.png Puis lancez le tunnel (bouton ‘Start’ ) et tapez le mot de passe de votre compte ssh et le code de vérification sur la machine hpc-login.marwan.ma .. image:: /source/figures/app-jupyter-notebook/6.png Sur Linux ********** Ouvrir un terminal et lancer la commande suivante: .. code-block:: bash ssh username@hpc-login.marwan.ma -L8080:node11:40000 -N Une fois le tunnel ssh démarré, vous pouvez vous connecter via le navigateur de votre machine local (de préférence Firefox ou Chrome) après avoir fourni le token généré (par exemple : db3648aa8efc526c89239523acda3a166ce17389fab97c94), voir la figure suivante : .. image:: /source/figures/app-jupyter-notebook/7.png Pour terminer l’allocation des ressources (node11 dans l’exemple), il suffit d’arrêter le notebook (ctrl –c) et de faire un exit du nœud réservé.